מטרת לימודי הדוקטורט היא הכשרת חוקרים איכותיים בתחום מדעי המדינה על מגוון תחומי השמה שלו. מסגרת הלימודים מאפשרת עבודה מחקרית עצמית של הסטודנט בהדרכת המנחה ממדעי המדינה, ובאינטראקציה עם סטודנטים אחרים בבית הספר למדעי המדינה, באוניברסיטה ובארץ בכלל. כל סטודנט לתואר שלישי יכול להתמחות באחד מהתחומים הבאים: יחסים בינלאומיים, מנהל ומדיניות ציבוריתוממשל ורעיון מדיני. אנו גם מאפשרים לסטודנטים הנחיה משותפת עם מרצים מתחומי עניין שאינן מכוסים בבית הספר, ומעודדים אותם להיפגש וללמוד מניסיונם של חוקרים בתוך בית הספר למדעי המדינה ומחוצה לו.
תכנית הלימודים לקראת תואר שלישי - דוקטורט - מדגישה מצוינות ואיכות, ומשתדלת להקנות כלים תחרותיים לבוגריה, בכדי להתאים את הדרישות והתוצרים לשינויים העצומים בתחום הדיסציפלינארי ובמציאות העולמית המורכבת של המאה ה-21.
מלגות לתואר שלישי מוקצות על ידי הרשות ללימודים מתקדמים בהתאם לדירוג פנימי של בית הספר. הן כוללות סיוע בתחומים הבאים:
מלגות השתלמות לתלמידי מחקר שלב א'
מלגות השתלמות לתלמידי מחקר שלב ב'
קרן למימון מחקרים לתלמידי מחקר
קרן למימון מחקרים לתלמידי מחקר
מענק פרסום פרק/ספר/מאמר
מענק השתתפות בכנס מדעי או מקצועי
מענק מחקר מיוחד לעידוד הגשת הצעות מחקר לקרנות חיצוניות תחרותיות
מלגת מחקר/השלמות ע'ח תקציב מחקר