מטרתה העיקרית של התכנית ללימודי תואר שני עם התמחות בניהול משא ומתן וקבלת החלטות, היא להקנות לתלמידיה הבנה מעמיקה של טבעה וקווי אפיונה הייחודיים של הסביבה הבינלאומית העכשווית, ויכולת התמודדות עם צרכיה ואילוציה באמצעות המדע והאמנות של ניהול משא ומתן וקבלת החלטות. נדבך מרכזי בהתמחות זו יהווה לימוד טקטיקות ושיטות לניהול משא ומתן בתהליכי קבלת החלטות, תוך התמקדות בשני קטבים: הקוטב השיתופי, המושתת בעיקרו על צעדים בוני אמון, מחוות וחיפוש מכנה משותף כשהשימוש במנופי לחץ הינו שולי, והקוטב הכפייתי, המושתת בעיקרו על מהלכים כוחניים של הרתעה, אכיפה ולחץ, ותוך כדי בחינת יתרונותיהם וחסרונותיהם היחסיים של שתי הטקטיקות.
במסגרת זאת יושם דגש מיוחד על קשת האתגרים במישורים הדיפלומטיים והאסטרטגיים שבפניהם ניצבת היום ישראל - כבסיס לימודי מרכזי וכמקור להפקת לקחים ויישום רפורמות. עם זאת, ההתמחות חורגת ביסודה מהקשר אזורי או תחומי בודד ומוגדר, והיא נועדה להעשיר ולספק כלים מחשביים וניתוחיים, תובנות וידע מקיף, מגוון ורב-תחומי, לקהלי היעד המרכזיים שלה, הנדרשים לנהל משא ומתן מעשי ולקבל החלטות מעשיות, הן בשירות הציבורי-ממשלתי והן במגזר העסקי, כמו-גם בארגונים בינלאומיים, שבפניהם אופק של פעילות מעשית ענפה בסביבה אסטרטגית מקומית, אזורית וגלובלית מורכבת ורבת-פנים.
מעבר לדגש המושם בתכנית הלימודים על צורכיהם של קהלי היעד העיקריים מכווני המדיניות, תכנית הלימודים תהיה פתוחה לקהלים נוספים שיעמדו בתנאי הקבלה ויהיו בעלי זיקה לעולם הידע והמושגים, כמו גם לקווי המתאר ולאתגרים של עידן הגלובליזציה. התמחות זו כוללת מספר עוגנים ומוקדי לימוד והתמחות מרכזיים (משא ומתן, קבלת החלטות, אסטרטגיה ודיפלומטיה); וזאת תוך כדי שיקוף ההוויה הבינלאומית בעידן שלאחר המלחמה הקרה, ותוך ראייה אינטגרטיבית של התהליכים המתרחשים בה.
התכנית חותרת להרחבת האופקים במכלולים ותחומים שונים ומגוונים המטופלים בהקשר מערכתי כולל, כמו-גם לפיתוח כלים ותובנות שנועדו להעניק פרספקטיבה חדשה לטיפול במגוון רחב של סוגיות המשפיעות או מעוצבות בסביבתה הדיפלומטית והאסטרטגית של ישראל.
